本研究所成立於民國94年，是台灣最早成立的疫苗與佐劑技術的研究所。本所的成立為配合目前動物疾病防治之重要性，「疫苗免疫」乃是預防控制動物疾病之最佳策略，為抑制抗生素之濫用，生物製劑之需求必然大幅增加。台灣將疫苗佐劑列入重點產業，鼓勵產業投資設廠及產業升級，因此，為配合政府政策及產業需求，於民國92年榮獲教育部補助成立「動物疫苗及佐劑技術研發中心」，於民國94年8月1日成立「動物疫苗科技研究所」，為全國大專院校中唯一動物疫苗相關研究所，並於民國95年成立「動物疫苗先導工廠」，建構培育具跨領域、創造力及關鍵技術人才之卓越設施，以落實技職高等教育理念。
動物疫苗科技研究所為全國大專院校唯一之特色教學，具有動物疫苗先導工廠，且本校具有已成立10 年之動物疫苗及佐劑技術研發中心，致力於台灣動物疫苗及佐劑產業關鍵技術之開發，本校動物疫苗佐劑獲多項專利及技術移轉，提升動物製劑產業技術，與屏東農業園區動物疫苗產業聚落形成產學聯盟，同時，已吸引國際動物疫苗生產大廠羅曼公司進駐屏東農業園區，成為重要之動物疫苗產業聚落。動物疫苗為防治動物疾病之最佳利器，動物疫苗佐劑生產為國內重要之農業與健康生技產業，動物疫苗產業之附加產業價值更為家畜、禽、水產動物重要生產技術之一環，且具有維護人畜健康安定消費者之重要社會價值。 本所依據校務及院務發展目標及專業發展趨勢，邀集產官學之專家，評估自身發展條件，訂定本所特色及發展計畫。以配合產業之需求，開發動物疫苗及佐劑新技術，培育優秀之研究專才，落實技職高等教育理念。現有來自全國各大專院校之碩士班學生30名，外籍生3名，6名專任教師，加上5名來自獸醫系、生技所及熱農系之合聘教師，並聘任產業教師數名協同教學，師資陣容堅強。本所位於獸醫二館之2樓，具備獨立之教學及研究空間，並於獸醫館之「動物疫苗先導工廠」，課程內容串聯理論與實作，結合學程、實習課程與產業研習，培育具跨領域、創造力及關鍵技術之人才，達成與產業無縫接軌之目的。