本所畢業生可至各學術、研究、疫苗公司等專業機構持續研發工作。舉凡政府機構如農委會防檢局和其分局、農委會家畜衛生試驗所、各縣市家畜疾病防治所，各鄉鎮公所和縣市政府畜產課、各縣市之公家農場、畜殖場、繁殖場和畜產試驗所、公立動物園、國家公園保育課、農委會特有生物保育中心等均可提供對疫苗研發學有專精之人才就業工作。在民間無論自己經營動物醫院和牧場，抑或飼料廠、藥品公司、動物用儀器公司、大牧場、血清疫苗製造販賣公司等與畜產有關部門、動物用儀器公司、大牧場、血清疫苗製造販賣公司等與畜產有關部門亦均須有對疫苗使用更加深入之獸醫人員參與。此外部分畢業生亦可從事於研究工作或進修，如台灣養豬科學研究所、各大學教師、醫學部門或其他研究機構之研究員。