本研究所成立於民國94年，是台灣最早成立的疫苗與佐劑技術的研究所。本所的成立為配合目前動物疾病防治之重要性，「疫苗免疫」乃是預防控制動物疾病之最佳策略，為抑制抗生素之濫用，生物製劑之需求必然大幅增加。台灣將疫苗佐劑列入重點產業，鼓勵產業投資設廠及產業升級，因此，為配合政府政策及產業需求，於民國92年榮獲教育部補助成立「動物疫苗及佐劑技術研發中心」，於民國94年8月1日成立「動物疫苗科技研究所」，為全國大專院校中唯一動物疫苗相關研究所，並於民國95年成立「動物疫苗先導工廠」，建構培育具跨領域、創造力及關鍵技術人才之卓越設施，以落實技職高等教育理念。